Емилия Палибачийска започва кариерата си в банковата сфера през 1990 г. През 2002 г.  заема длъжността Изпълнителен директор и член на Управителния съвет на Ейч Ви Би Банк Биохим. От края на 2007 г. до септември 2017 г.  Емилия Палибачийска заема позицията Главен финансов директор и член на Управителния съвет на УниКредит Булбанк. По време на дейността си  в банковия и финансов сектор, тя е била член на Управителни и Надзорни съвети на банкови и небанкови институции в България и чужбина. От 2019 г. е член на Надзорния съвет на УниКредит Унгария (през 2020 г. поема позицията на председател), Одитния комитет, Комитета по риска и Комитета по подбор и възнаграждения.